Ņemot vērā, ka viena no būtiskākajām vispārējām dabas aizsardzības prasībām meža apsaimniekošanā ir bioloģiskās daudzveidības aizsardzība, noteikumu projektā noteikts, ka, apsaimniekojot mežu, jāsaglabā bioloģiski vērtīgi meža struktūras elementi: mežaudzes ezeru un purvu salās, mežu puduri, mežaudzes ūdensteču un ūdenstilpju palienēs, ģeomorfoloģiskie veidojumi, skudru pūžņu kolonijas, avoti un avoksnāji, apaugums mikroieplakās, mežmalas un bioloģiski vērtīgās mežaudzes. Noteikumu projektā ir ietverti šo bioloģiski nozīmīgo meža struktūras elementu noteikšanas kritēriji un apsaimniekošanas nosacījumi. Bioloģiskās daudzveidības aizsardzības nolūkā noteikumu projektā ir ietverts nosacījums, ka aizliegts cirst un izvākt ekoloģiskos kokus, kas saglabāti saskaņā ar normatīviem aktiem par koku ciršanu.
Noteikumu projektā ir noteikti aprobežojumi aizsargjoslās ap purviem, kas ir aizsargājamas saskaņā ar Aizsargjoslu likumu. Aizsargjoslās ap purviem ir aizliegts ierīkot jaunus meliorācijas grāvjus, izņemot, ja tas nepieciešams purvu vai citu zemes lietojuma veidu (ārpus meža) teritoriju apsaimniekošanai.
Noteikumu projekts nosaka arī, ka, veicot jebkādu darbību mežā, ir jāizvairās no ūdens noteces traucēšanas grāvjos, strautos un upēs. Ūdens noteces traucējums nedrīkst būt ilgāks par četriem mēnešiem gadā un tas nedrīkst radīt ietekmi uz citiem īpašumiem.
