Testa inženieri piešķīruši A3 modelim visaugstāko novērtējumu par vadītāja un pasažieru aizsardzību frontālās un sāniskās sadursmēs. Jaunajā «Audi A3» ļoti laba aizsardzība nodrošināta arī bērniem. «Euro NCAP» arī akcentēja atgādinājuma signālu par piesprādzēšanos priekšā un, īpaši, aizmugurē sēdošajiem. «Audi A3» standarta aprīkojumā iekļautas abas sistēmas.

Gājēju aizsardzība «Audi» ir galvenais jautājums, un autoražotājs A3 ieviesis izcilu risinājumu. Automašīnas priekšgala īpašais dizains un aktīvais motora pārsegs, kas sadursmes gadījumā tiek pacelts, izmantojot pirotehnisku atvēršanas mehānismu, palīdz atvieglot negadījuma sekas. Šāds aprīkojums palīdzējis «Audi A3» saņemt arī vairākas ļoti labas atzīmes šajā disciplīnā.

«Audi» arī augstu vērtē aktīvo drošību, kas nav iekļauta «Euro NCAP» vērtēšanas kritērijos. Piemēram, standarta tuvās gaismas padara «Audi A3» gājējiem pamanāmāku. Citas vadītāja palīgsistēmas, kā adaptīvā kruīza kontrole ar priekšā braucoša transporta līdzekļa detektora funkciju un «Audi» aktīvais pārkārtošanās asistents, «Audi» sānu asistents, ātruma ierobežojuma attēlojums vai atpūtas ieteikumi, tagad arī šajā kompaktklases modelī pieejamas kā papildaprīkojums. Tas pats attiecas arī uz apgaismes sistēmām, kā adaptīvā tuvo gaismu diapazona koriģēšana un papildaprīkojumā pieejamās LED tuvās gaismas, kas līdz šim bijušas pieejamas tikai lielās klases automašīnām.

Turklāt A3 standarta aprīkojumā iekļauta arī avārijas bremzēšanas sistēma «Multicollision brake» - drošības funkcija, kas 2012.gadā no Vācijas autobraucēju organizācijas saņēma balvu «Dzeltenais eņģelis». Izraisot automātisku bremzēšanu, šī funkcija vadītājam avārijas gadījumā var palīdzēt samazināt slīdēšanu un jaunu sadursmju izraisīšanas risku.