Rīkojumā norādīts, ka Muižnieks 2015. gada 4. augustā uz pirmo četru gadu termiņu tika apstiprināts rektora amatā, kura termiņš ir beidzies, līdz ar to nepieciešams apstiprināt viņu par universitātes rektoru uz otro termiņu, jo aizvadītā gada jūnijā "universitātes Satversmes sapulce ievēlējusi viņu par universitātes rektoru".

Pirmo balsojumu par Muižnieku pavadīja skandāls un pretrunīgi vērtējumi. 24. maijā LU Satversmes sapulcē Muižnieks savāca 141 balsi, bet 143 nobalsoja pret viņu. Muižnieka pasludināšana par ievēlētu pie šāda balsu sadalījuma raisīja neizpratni daļā sabiedrības. Pēc tam tika rīkots atkārtots balsojums, kurā uzvarēja Muižnieks.

Valdība 2019. gada augusta beigās pēc ilgām diskusijām nolēma neapstiprināt Indriķi Muižnieku LU rektora amatā, jo Izglītības un zinātnes ministrijas (IZM) skatījumā rektora vēlēšanās ir pārkāpta Augstskolu likumā un likumā "Par Latvijas Universitātes Satversmi" noteiktā LU rektora ievēlēšanas kārtība un noteikumi.

28.augustā Muižnieks kā fiziska persona vērsās tiesā, apstrīdot viņam nelabvēlīgo valdības lēmumu un lūdza noteikt pagaidu liegumu jauna rektora ievēlēšanai. 30.septembrī tiesa apturēja Muižniekam nelabvēlīgo lēmumu, ar kuru viņš netika apstiprināts LU rektora amatā. Tādējādi valdības ieceltais rektora pienākumu izpildītājs Gvido Straube zaudēja šo statusu un par rektora pienākumu izpildītāju tika atzīts Muižnieks.

Šis tiesas lēmums nozīmēja, ka līdz brīdim, kad lieta tiks izskatīta pēc būtības, jūnijā notikušās rektora vēlēšanas tika uzskatītas par leģitīmām. Tiesa pirmšķietami secināja, ka daļa no rīkojumā norādītajiem pārkāpumiem nav konstatējami, savukārt daļai nav tiesiskas nozīmes, jo tie nav tieši saistīti ar rektora ievēlēšanu vai ir nebūtiski.

Vēlāk valdība nolēma pārsūdzēt minēto tiesas nolēmumu. Attiecīgi Administratīvā apgabaltiesa saglabāja pirmās instances noteikto liegumu rīkot jaunas LU rektora vēlēšanas, tomēr atzina, ka valdībai ir tiesības noteikt rektora vietas izpildītāju. Līdz ar to valdībai tika dota iespēja nomainīt pašreizējo rektora vietas izpildītāju Muižnieku. Ar 1.decembri par rektora vietas izpildītāju bija iecelts Straube.

Savukārt šī gada 10. februārī tiesa apmierināja Muižnieka pieteikumu un atzina par prettiesisku, kā arī atcēla Ministru kabineta pērnā gada 29. augusta rīkojumu, ar kuru Muižnieks netika apstiprināts LU rektora amatā.

Vienlaikus tiesa nosprieda, ka Ministru kabinetam trīs nedēļu laikā no sprieduma spēkā stāšanās dienas atkārtoti jālemj par Muižnieka apstiprināšanu LU rektora amatā, ņemot vērā spriedumā konstatētos faktus un to juridisko vērtējumu.

IZM iepriekš rosināja valdību neapstiprināt Muižnieku LU rektora amatā, jo pēc tās domām rektora vēlēšanās esot pārkāpta Augstskolu likumā un likumā "Par Latvijas Universitātes Satversmi" noteiktā LU rektora ievēlēšanas kārtība un noteikumi.

Tiesas spriedumā norādīts, ka Ministru kabineta ieskatā 24. maijā notikušajās rektora vēlēšanās 13 Satversmes sapulces dalībniekiem nebija tiesību piedalīties šajā balsojumā un pirmajā vēlēšanu kārtā tieši 13 balsis šķīra abus kandidātus, paužot, ka iespējams, prettiesiska dalība rektora vēlēšanās varētu būt ietekmējusi balsošanas rezultātu.

Savukārt tiesas ieskatā, argumentiem par 13 rezervistu tiesībām saņemt Satversmes sapulces dalībnieku mandātus nav tiesiskas nozīmes šajā lietā.

Papildus tiesa norādīja, ka nav pamatoti arī tiesas sēdē izskanējušie iebildumi par LU struktūrvienību aicinājuma Satversmes sapulces dalībniekiem apsvērt mandātu nolikšanu pieļaujamību. LU ir tiesības attiecīgi rīkoties, lai nodrošinātu, ka tās Satversmes sapulces sēdēs piedalās pietiekams skaits dalībnieku, lai Satversmes sapulce būtu tiesīga pieņemt lēmumus.

Tiesas sēdē norādītais, ka Satversmes sapulces dalībnieki varbūt nebija sapratuši, ka atteikšanās no Satversmes sapulces dalībnieka mandāta ir uz visu laiku, ir gan Ministru kabineta pieņēmums, kurš turklāt nav pamatots pārsūdzētajā rīkojumā, gan arī katra dalībnieka personīga atbildība par savu rīcību un pienākumu noskaidrot sekas pirms kādu dokumentu parakstīšanas, uzskata tiesa.

Ministru kabineta ieskatā, vēlēšanu procesā nav ticis ievērots arī tas, ka studentu padomē ir jābūt iekļautiem pārstāvjiem no universitātes 13 fakultātēm. Padomē netika iekļauti studējošo pārstāvji no universitātes aģentūrām - LU Rīgas Medicīnas koledžas un LU Rīgas 1.medicīnas koledžas, kas ir Augstskolu likuma pārkāpums.

Tomēr tiesa, izvērtējot lietas materiālus, nekonstatēja ne Augstskolu likuma, ne LU Satversmes normas, kuras noteiktu LU Rīgas Medicīnas koledžā un LU Rīgas 1. medicīnas koledžā studējošo tiesības līdzdarboties arī universitātes pašpārvaldes institūcijās.

Valdība iepriekš savu nostāju arī pamatoja ar LU Satversmē ietvertās normas pārkāpumu, jo Ministru kabineta ieskatā šī norma liedza rektoram tiesības sasaukt Satversmes sapulces 2019. gada 6. jūnija ārkārtas sēdi.

Tiesa toreiz skaidroja, ka saskaņā ar LU Satversmi Satversmes sapulci sasauc Senāts ne retāk kā reizi divos gados. Bet Satversmes sapulces ārkārtas sēdes sasauc, ja to pieprasa Senāts, rektors, Studentu padome, viena trešdaļa Satversmes sapulces dalībnieku vai Padomnieku konvents.

Izvērtējot pārsūdzētajā rīkojumā ietverto argumentāciju, tiesa nekonstatēja arī pamatojumu rīkojumā izdarītajam secinājumam, ka Satversmes sapulces ārkārtas sēde bija jāsasauc tieši Satversmes sapulces priekšsēdētājam.

Tiesa spriedumā atzina, ka LU rektora ievēlēšanas process nav bijis nevainojams un tajā ir nācies risināt dažāda rakstura neskaidrības un procedūru nepilnības. Vienlaikus atgādināts, ka Augstskolu likums pieļauj augstskolas ievēlētā rektora neapstiprināšanu amatā, tomēr pārkāpumiem rektora ievēlēšanā ir jābūt tik būtiskiem, kas būtu samērojami un līdz ar to attaisnotu likumā noteikto ierobežojumu neapstiprinātajam rektora amata kandidātam piedalīties atkārtotajās rektora vēlēšanās.

Tomēr tiesa norādīja, ka Ministru kabinets izvēli par Muižniekam nelabvēlīga administratīvā akta izdošanu ir izdarījis, norādot uz pārkāpumiem, kuri atbilstoši minētajiem apsvērumiem nav konstatējami vai kuriem nav tiesiskas nozīmes, jo tie nav tieši saistīti ar rektora ievēlēšanu vai ir nebūtiski.

"Tādējādi ir konstatējams, ka Ministru kabinets tam piešķirto rīcības brīvību administratīvā akta satura izvēlē ir izmantojis nepareizi," pausts spriedumā.