Kā paraugos meklē omikron variantu? Eksperts skaidro, kā notiek Covid-19 paraugu pārbaude (22)

"Neizbēgami, protams, kaut kādā brīdī šis vīruss ienāks arī Latvijā. No

mums ir atkarīgs, vai tas izplatīsies Latvijā, vai tas kļūs par dominējošo – staigās kā uzvarētājs pa Latviju. Laboratorijas uzdevums ir to laikus atklāt.

Epidemiologu uzdevums – realizēt pretepidemioloģiskos pasākumus," Latvijas Radio teica Rīgas Austrumu klīniskās universitātes slimnīcas Nacionālās references laboratorijas vadītājs Sergejs Ņikišins.

Patlaban primāri tiek sekvencēti to cilvēku paraugi, kuriem bijis pozitīvs Covid-19 tests un kuri ieceļojuši Latvijā no ārzemēm, portālam "Apollo.lv" skaidro Ņikišins. Respektīvi, cilvēks ir atgriezies Latvijā no ārzemēm, veicis Covid-19 testu un konstatēta nukleīnskābes (RNS) klātbūtne, savukārt Slimības un profilakses dienesta pārstāvji, veicot epidemioloģisko izmeklēšanu, konstatē, ka cilvēks ir ceļojis, un nodod ziņas laboratorijām, ka šiem paraugiem ir vajadzīga sekvencēšana.

Tāpat ir dažas laboratorijas, kas pozitīvos gadījums testē uz noteiktām mutācijām, kas ļauj atlasīt paraugus prioritārai sekvencēšanai.

"Jaunajam omikron variantam ir raksturīgas divas šīs mutācijas, kuras bija raksturīgas arī alfa paveidam, bet kuras nav raksturīgas delta paveidam.

Līdz ar to, ja paraugam atklāj divas šīs mutācijas, tad šis paraugs jau kļūst aizdomīgs. Protams, viennozīmīgi nevar pateikt, vai tas būs jaunais omikron, bet tas ļauj atlasīt šos pozitīvos paraugus un likt sekvencēties ātrāk nekā citus," skaidro Ņikišins.   

Laboratorijā Latvijā sākta astoņu aizdomīgu Covid-19 paraugu sekvencēšana, kam ir jaunajam omikron variantam raksturīgas mutācijas, 2. decembrī vēstīja Latvijas Televīzijas raidījums "Panorāma".

To, vai paraugos ir omikron variants, varētu uzzināt pēc četrām, piecām dienām.

Ņikišins informēja, ka šajos astoņos paraugos bažas rada divas līdz trīs mutācijas, kas ir raksturīgas omikron variantam, tomēr tādas pašas mutācijas ir arī pirms gada Lielbritānijā atklātajam alfa variantam, kurš Latvijā izplatījās gada vidū.

Viņš pieļāva, ka tikpat labi tie var būt arī alfa vai citi paveidi, bet, ņemot vērā, ka Latvijā faktiski pēdējā laikā bija konstatēts tikai delta paveids, tad šie paraugi jau uzskatāmi par aizdomīgiem.

Garš process - testēšana, izvaicāšana, sekvencēšana

Pēc būtības paraugus sekvencēšanai atlasa SPKC darbinieki, veicot epidemioloģisko izmeklēšanu. Viņi sastāda sarakstu ar šo informāciju, un laboratorija atlasa nepieciešamos paraugus un tos sekvencē.

"Ja mēs ņemtu paraugus visiem, kas atlido uz Latviju, un ja izrādītos, ka tie ir pozitīvi, tad tos uzreiz varētu likt sekvencēties.

Pati sekvencēšana ir garš process, kas aizņem līdz pat nedēļai. Tas viss paildzina šo laiku,"

portālam "Apollo.lv" atklāj Ņikišins.

Katrā valstī kārtība atšķiras. Ir valstis, kur pārbauda noteiktus reisus un pozitīvu testu gadījumā, sekvencē šos paraugus, kas ir ātrāks process.

Cik efektīva būs Latvijas pieeja, rādīs laiks. "To mēs tikai redzēsim pēc rezultātiem, cik ātri mēs varēsim atklāt pirmos gadījumus, bet skaidrs ir tas, ka šeit tiek darīts viss, kas ir iespējams, lai to izdarītu pēc iespējas ātrāk," atklāj Ņikišins.

Jārēķinās, ka omikron varianta atklāšana Latvijā notiks ar zināmu laika nobīdi, jo ne visi pozitīvie Covid-19 paraugi tiek sekvencēti un pats process prasa laiku.

"Vistuvākais, kad mēs varētu pateikt par pirmajiem gadījumiem Latvijā, varētu būt nākamnedēļ, jo svarīgi šo gadījumu apstiprināt ar pilnu genomu* analīzi.

Varbūtējie gadījumi varētu būt ātrāk, bet svarīgi ir veikt šo pilno genomu analīzi, lai noskaidrotu, ka tas tiešām atbilst omikron variantam, jo tam ir milzum daudz mutāciju un tās ir raksturīgas arī citiem paveidiem, tāpēc svarīgi ir pateikt, ka tieši šis mutāciju komplekts ir omikron," skaidro Ņikišins.

Patlaban lielākoties sekvencēšanas rezultātā tiek konstatēts, ka saslimšana Latvijā ir ar Covid-19 delta paveidu, kam ir dažādi apakšpaveidi. 

Viņš norāda, ka koronavīruss ir spējīgs mutēties: "Es domāju, ka tas turpināsies mutēties, kamēr notiks tā cirkulācija un kamēr mums ir nevakcinēto cilvēku slānis, jo tajā arī notiek vislielākās mutācijas.

Nevakcinēti cilvēki ilgāk pārnēsā vīrusu, un viņi ilgāk izdala vīrusu, līdz ar to tam ir lielākas iespējas mutēt."

Pirms gada, 2020. gada oktobrī, Indijā atklāja delta paveidu, savukārt 2021. gada novembrī Dienvidāfrikas republikā atklāja omikron variantu. 

Jau vēstīts, ka 2021. gada 24. novembrī Pasaules Veselības organizācija (PVO) pirmo reizi saņēmusi informāciju par B.1.1.529 variantu no Dienvidāfrikas, kur pēdējo nedēļu laikā Covid-19 gadījumu skaits ir strauji pieaudzis, kas sakrīt ar B.1.1.529 varianta noteikšanu. Infekcijas gadījumi konstatēti arī kaimiņvalstī Botsvānā. Pirmais zināmais apstiprinātā B.1.1.529 varianta gadījums tika identificēts paraugā, kas bija iegūts 2021. gada 9. novembrī. No 2021. gada 26. novembra ar ceļošanu saistīti gadījumi konstatēti arī Beļģijā, Honkongā, Izraēlā, Apvienotajā Karalistē.

Eiropas slimību profilakses un kontroles centra (ECDC) eksperti novērtē omikron varianta izplatīšanās iespējamību tuvākajā nākotnē un ar to saistīto riska pakāpi diapazonā no augsta līdz ļoti augstam.

Īpaša piesardzība jāievēro ceļotājiem, rekomendējot nedoties uz zināmajām skartajām teritorijām, atgriežoties veikt papildu drošības pasākumus, kas ietver testēšanu un pašizolāciju. Nepieciešams pēc iespējas ātrāk atklāt Covid-19 inficēšanās gadījumus tiem ceļotājiem, kuri atgriezušies no skartajām teritorijām.

Reaģējot uz saņemto informāciju par jaunatklātā Covid-19 vīrusa paveida bīstamību un straujo izplatību, Latvijas valdība piektdien pieņēma lēmumu liegt izceļot un ieceļot no Dienvidāfrikas Republikas, Lesoto, Botsvānas, Zimbabves, Mozambikas, Namībijas, Svazilendas, Malāvijas. Liegums iebraukt neattieksies uz Latvijas valstspiederīgajiem vai ES pastāvīgajiem iedzīvotājiem ar uzturēšanās atļauju Latvijā. Tāpat aizliegti ceļojumi un to organizēšana uz minētajām valstīm.