Lai nodrošinātu vienota vakcinācijas procesa organizēšanu, ārstniecības iestādēm ir jāsāk konkrētas sabiedrības grupas vakcinācija pēc attiecīgas informācijas saņemšanas no Nacionālā veselības dienesta (NVD). Speciālistam iestādē pirms personas vakcinācijas sākšanas ir jāpārliecinās, vai personai būs iespēja veikt balstvakcināciju, kā arī jānodrošina personu reģistrācija vakcinācijai, veidojot pierakstu vakcinācijai un balstvakcinācijai.
Ministra rīkojums paredz, ka vakcinējamo personu sarakstiem, kas izveidoti "manavakcina.lv", ārstniecības iestādēs, kas nav ģimenes ārstu prakses, ir prioritāte pret ārstniecības iestādē saņemtiem individuāliem pieteikumiem, ņemot vērā prioritāri vakcinējamo grupu secību. Savukārt ģimenes ārstu praksē saņemtie individuālie personu pieteikumi un portālā "manavakcina.lv" reģistrētie pieteikumi vakcinācijai ir vienlīdz prioritāri. Ģimenes ārsti, veidojot pierakstu, iespēju robežās ņem vērā vakcinējamo personu vecumu un veselības stāvokli, priekšroku dodot vecākām personām vai personām ar smagākām hroniskām slimībām atkarībā no vakcinējamās personu grupas, paredz rīkojums.
Ģimenes ārsti, kuru prakse neveic vakcināciju pret Covid-19, var rekomendēt personām, kas ir reģistrējušās attiecīgā ģimenes ārsta pacientu sarakstā, reģistrēties vakcinācijai portālā "manavakcina.lv" vai nosūtīt personas vakcinēties uz ārstniecības iestādi, kurai ir līgums ar konkrēto ģimenes ārsta praksi par vakcinācijas pakalpojumu nodrošināšanu. Pacienti, kas piesakās vakcinācijai ārstniecības iestādē, kurai ir noslēgts līgums ar konkrēto ģimenes ārsta praksi, ar ģimenes ārsta nosūtījumu un personas, kas reģistrējušās vakcinācijai portālā "manavakcina.lv" ir vienlīdz prioritāras, ja atrodas vienā prioritāri vakcinējamo personu grupā.
Kolektīvu vakcināciju ārstniecības iestādes veic, saņemot pieteikumus kolektīvu vakcinācijai no NVD.
Noteikts arī, ka, veidojot pierakstu vakcinācijai, prioritārā kārtā tiek nodrošināta vakcinācija personām, kam ir paredzēta balstvakcinācija, vai iedzīvotājiem, kas atrodas augstākā prioritāri vakcinējamā grupā.
Ārstniecības iestādēm ir jānodrošina vakcinējamām personām informācija par pieteikšanās iespējām un kārtību konkrētā iestādē, aktuālākajām prioritārajām sabiedrības grupām, kuru vakcinācija konkrētajā iestādē ir sākta, publicējot to iestādes mājaslapā. Šis nosacījums gan neattiecas uz ģimenes ārstu praksēm.
Tāpat iestādēm, izņemot ģimenes ārstus, jānodrošina vakcinācijas pakalpojumu pieejamība svētku dienās un brīvdienās, ja ārstniecības iestādē ir pieejamas vakcīnu devas vakcinācijai.
Savukārt, lai novērstu vakcīnu devu zudumus, vakcinācijas iestādei jāveido vakcinējamo personu rezerves saraksti no aktuālās vai nākamās prioritāri vakcinējamās sabiedrības grupas, lai varētu operatīvi nodrošināt to vakcinējamo personu aizvietošanu, kas nav ieradušās uz vakcināciju. Vienlaikus noteikts, ka ārstniecības iestāde veic personu pēc individuāliem pieteikumiem vakcināciju no rezerves saraksta tikai tādā gadījumā, ja netiek saņemti vakcinējamo personu saraksti no NVD.
Pakalpojuma sniedzējiem ir jāplāno prioritāri vakcinējamo personu vakcinācija tā, lai nodrošinātu optimālu vakcīnu flakonu izlietojumu un novērstu vakcīnu devu zudumus. Tomēr, ja vakcinācijas dienas beigās ārstniecības iestādē veidojas neizlietoto vakcīnu devu uzkrājums, kuras nav iespējams saglabāt uz nākamo vakcinācijas dienu, var tikt vakcinētas personas arī ārpus noteiktās prioritāri vakcinējamās grupas. Šādu personu skaits nedrīkst būt lielāks kā flakonā ietilpstošo devu skaits mīnus viena. Personu, kas neietilpst attiecīgajās prioritārajās grupās, vakcinācija ir jādokumentē un jāpamato. Tāpat ir jādokumentē un jāpamato norakstītās devas, ja šāda rīcība notiek.